Samorządy województw zajmują bardzo ważne miejsce w systemie zarządzania funduszami europejskimi. Co do zasady środki pochodzące z UE rozdzielane są w ramach programów operacyjnych – na poziomie centralnym i regionalnym. Dlatego oprócz krajowych programów operacyjnych, istnieje także 16 regionalnych programów operacyjnych, oddzielnych dla każdego województwa. W ich ramach zarządy poszczególnych województw w latach 2007 – 2013 rozdzielą ogółem 16,5 mld euro. Konkretna kwota przypadająca na dane województwo zależy od jego wielkości, ludności i poziomu rozwoju społeczno-gospodarczego.

Ponieważ środki europejskie mają służyć zrównoważonemu rozwojowi, regionalne programy operacyjne składają się z priorytetów – głównych obszarów tematycznych, w których udzielane jest wsparcie. Są one różne w różnych województwach i wynikają z ich specyfiki i lokalnych potrzeb. Nie można skierować wszystkich pieniędzy tylko na jedną dziedzinę (np. ochronę zdrowia), ponieważ byłoby to niezgodne z ideą zrównoważonego rozwoju. Dlatego stosunkowo równomiernie wspiera się np. edukację, kulturę, infrastrukturę drogową, ochronę środowiska. Każdy priorytet dodatkowo podzielony jest na działania, a te niekiedy także na poddziałania. 

O środki europejskie mogą się ubiegać niemal wszyscy – jednostki samorządu, przedsiębiorcy, organizacje pozarządowe i osoby fizyczne. Jednak w ramach konkretnych działań i poddziałań krąg beneficjentów może być zawężony do jednej lub kilku kategorii.

Co do zasady środki w ramach regionalnych programów operacyjnych rozdzielane są w drodze konkursów. Nie dotyczy to jedynie projektów indywidualnych i systemowych, które samorząd uznaje za kluczowe dla rozwoju danego regionu. Ich beneficjenci też muszą spełnić szczegółowe wymagania i sporządzić wnioski o dofinansowanie, ale nie muszą uczestniczyć w konkursie.

Instytucją zarządzającą, czyli ustalającą zasady podziału funduszy, ogłaszającą i przeprowadzającą konkursy, przekazującą dofinansowanie, rozliczającą je i kontrolującą, czy projekty są prawidłowo realizowane, jest zarząd województwa.

Dzięki zarządzanym przez siebie funduszom europejskim (obok regionalnych programów operacyjnych są to w pewnym wymiarze także Program Operacyjny Kapitał Ludzki, Program Rozwoju Obszarów Wiejskich oraz Europejska Współpraca Terytorialna) samorząd województwa posiada potężne narzędzie kształtowania i finansowania polityki rozwoju regionu. To właśnie w jego siedzibie, a nie w siedzibie rządu, zapadają najważniejsze decyzje dla całego regionu i jego mieszkańców.